Sim, exceto se o empregado for detentor de passe livre que o isente do pagamento de passagens, em transporte coletivo, para deslocamento entre a residência e o local de trabalho.
Dessa forma, quando a empresa não fornece o vale-transporte para aqueles funcionários que já se beneficiam de sua gratuidade, ela não está violando os direitos deles em relação aos demais!
Marca aqui nos comentários uma pessoa que precisa saber disso.